Osoa giza genoma Emakumezkoen ehunetik eratorritako zelula-lerroko bi X kromosomen eta autosomen sekuentzia osatu da. Honen %8 barne hartzen du genoma 2001ean kaleratu zen jatorrizko zirriborroan falta zen sekuentzia.
Osoa giza genoma 3.055 milioi base-pare osoen sekuentzia Telomere-to-Telomere (T2T) Partzuergoak agerian utzi du. Honek hobekuntzarik handiena adierazten du giza erreferentzia genoma 2001ean kaleratu zuten Celera Genomics eta Internationalek Giza Genoma Sekuentziazio Partzuergoa. Hori genoma sekuentziak eskualde eukromatiko gehienak estali zituen, heterokromatina-eskualdeak edo irudikapen okerrak kanpoan uzten zituen bitartean. Eskualde horiek %8 osatzen dute giza genoma hori azkenean agerian geratu da. T2T-CHM13 erreferentzia berria1 22 autosoma guztien sekuentzia osoa gehi X kromosoma barne. Erreferentzia-sekuentzia berri honek errore ugari ere zuzendu ditu, eta gutxi gorabehera 200 gene kopia dituzten 2,226 milioi bp sekuentzia berri gehitu ditu, eta horietatik 115 proteina kodetzaileak izango direla aurreikusten da.
Egungo GRCh38.p13 erreferentziako genoma bi eguneratze handiren ondorioz izan da, bata 2013an eta bestea 2019an 2001eko Celera genomaren sekuentzian. Hala ere, oraindik 151 milioi sekuentzia ezezaguneko base-pare zituen osoan zehar banatuta genoma, eskualde pericentromerikoak eta azpitelomerikoak, bikoizketak, geneak eta DNA erribosomikoak (rDNA) array barne, horiek guztiak beharrezkoak diren oinarrizko prozesu zelularetarako. Erreferentzia berria T2T-CHM13 izena jarri diote, CHM13 (Complete Hydatiform Mole) zelula-lerroaren DNAren sekuentziaziotik baitator eta T2T partzuergoak egiten du. Zelula-lerroa anormal ernaldutako arrautzatik edo emakumeak haurdun daudela dirudien plazentatik (haurdunaldi faltsua) dagoen ehun-hazkundetik eratorria da, beraz, sekuentzia emearen bi X kromosoma eta autosomak soilik adierazten ditu. Hainbat sekuentzia-teknologia erabili dira, hala nola PacBio, Oxford Nanopore, 100X eta 70X Illumina sekuentziatzaileak, batzuk aipatzearren. Sekuentziazioaren aurrerapen teknologikoek gainontzeko %8aren sekuentziazioa ekarri dute arestian esan bezala.
T2T-CHM13 sekuentziaren muga bakarra Y kromosoma eza da. Sekuentziazio hau abian da gaur egun, HG002 zelula-lerroko DNA erabiliz, 46 bat (23 bikote) XY kariotipoa duena. Ondoren, CHM13 genoma homozigotikorako garatutako metodo berberak erabiliz muntatuko da sekuentzia.
T2T-CHM13 erabilgarritasuna erreferentzia berri gisa genoma heterokromatina-eskualdeen papera ulertzen lagunduko duen aurrerapen handi bat da eta prozesu zelularretan dituen ondorioak xehetasun handiagoz ulertzen lagunduko du. Y kromosomaren sekuentziazioa amaitu arte, prozesu zelularrak eta funtzioak ulertzeko etorkizuneko ikerketetarako erreferentziazko genoma izango da.
***
Erreferentziak
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. a-ren sekuentzia osoa giza genoma bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
